โรงเรียนบ้านหนองหอยตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2475 ตั้งอยู่ที่เลขที่ 500 หมู่ 4 ตำบลเชียงเครือ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร โดยอาศัยวัดบ้านหนองหอยเป็นสถานที่เรียน เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม 2475 นายอำเภอเมืองสกลนครมีคำสั่งแต่งตั้งให้นายสาย เพียรพจน์ วุฒิ ม.3 มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้น ป.1– ป.2  มี 2 ห้องเรียน วันที่ 9 พฤษภาคม 2478 นายสาย เพียรพจน์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนบ้านหนองลาด

            13 พฤษภาคม 2478 นายวันดี ภูละคร วุฒิ ม.3 ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน นายวันดี ภูละคร ได้จัดหาพื้นที่ที่จะสร้างโรงเรียน ณ ที่แห่งใหม่ โดยการจับจองที่ดินไว้เพื่อการปลูกสร้างอาคารเรียน ซึ่งมีพื้นที่ 38 ไร่ 1 งาน 68 ตารางวา แต่ยังไม่มีการปลูกสร้างเนื่องจากนายวันดี ภูละคร ได้ลาออกไปรับราชการในแผนกอัยการจังหวัดสกลนคร ในปี พ.ศ. 2484

            22 เมษายน 2484 นายไสย ศรีอาจ วุฒิ ม.3 ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน และได้ทำการบุกเบิกที่ดินแปลงที่จับจองไว้ ทำการกสิกรรม ได้ขอรับบริจาคไม้จากชาวบ้าน เพื่อนำมาจัดสร้างอาคารเรียน  ในปี พ.ศ. 2486 นายไสย ศรีอาจ ได้ลาออกไปเป็นเสมียนสรรพสามิตจังหวัดสกลนคร

           7 กรกฎาคม 2486 นายทะ บุตรแสง วุฒิ ม.3 ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน ได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียนเฉพาะโครงหลังคา นายทะ บุตรแสง ลาออกจากราชการในปี พ.ศ. 2488

           1 มีนาคม 2488 นายสาย เพียรพจน์ วุฒิ ม.3 ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่อีกครั้ง อาคารเรียนยังอยู่ในสภาพเดิม ในปี พ.ศ. 2489 นายสาย เพียรพจน์ ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนอื่น

           15 มิถุนายน 2489 นายไพโรจน์ เพชรคำ วุฒิ พ.ป.ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้พัฒนาโรงเรียน บริเวณสนามจัดทำรั้วรอบบริเวณโรงเรียน ในปี 2492 ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่อื่น

           11 มิถุนายน 2492 นายจวน แก้วเวียงเดช วุฒิ พ.ม. ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ วันที่ 20 เมษายน 2494 เวลาประมาณ 07.15 น. เกิดฝนฟ้าคะนองลมกระโชกแรงพัดอาคารเรียนหักพังเสียหาย ประกอบกับอาคารมีสภาพเก่าชำรุดใช้การมานาน ต้องย้ายที่เรียนไปที่ศาลาวัดบัวศรีบ้านหนองหอยเป็นการชั่วคราว ทางอำเภอได้จัดสรรงบประมาณเป็นค่าซ่อมแซมโดยอาศัยแรงงานชาวบ้านในการซ่อมแซม แต่การซ่อมแซมยังไม่เสร็จเรียบร้อย  นายจวน แก้วเวียงเดช ก็ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนอื่นในปี พ.ศ. 2494

           18 พฤษภาคม 2494 นายวิวัฒน์ วงศ์กาฬสินธุ์ ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้ย้ายนักเรียนจากวัดบัวศรีบ้านหนองหอยมาเรียนที่โรงเรียนเหมือนเดิม ได้บ่อเลี้ยงปลาขนาด 9 X 9X 2 เมตร คณะครูได้บริจาคเงินจำนวน 300 บาท สร้างโรงอาหาร ส้วมและที่ปัสสาวะ ในปี พ.ศ. 2500 นายวิวัฒน์ วงศ์กาฬสินธุ์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนอื่น                                                                                                                                                

           9 สิงหาคม 2500 นายสังวาล ชุมปัญญา วุฒิพ.ป. ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้ประชุมกรรมการศึกษาและผู้ใหญ่บ้านทั้งสามหมู่บ้าน เพื่อร่วมกันพิจารณาหาทุนมาก่อสร้างอาคารเรียนใหม่ ที่ประชุมมีมติขอให้รับบริจาคจากชาวบ้านทั้งสามหมู่บ้านที่มีจิตศรัทธาและให้รื้อถอนอาคารหลังเดิม ต่อมาได้รับเงินบริจาคทั้งหมด 12,300 บาท ปี พ.ศ. 2501  ได้ซื้อไม้โครงหลังคา และก่อสร้างอาคารเรียน ขนาด 9 X 3 เมตร 4 ห้องเรียนจนแล้วเสร็จ พร้อมกับก่อสร้างบ้านพักครู 1 หลัง ต่อมานายสังวาลย์ ชุมปัญญาย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนดงมะไฟเจริญศิลป์ ในปี พ.ศ.2503 

           ปี พ.ศ.2503 นายจวน แก้วเวียงเดช วุฒิ พ.ม. ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่อีกครั้งได้ขอความร่วมมือจากชาวบ้านร่วมกันก่อสร้างศาลาประชาคมขึ้น 1 หลัง ค่าก่อสร้าง 9,000 บาท ปีพ.ศ. 2506 ทางราชการได้ย้ายนายจวน แก้วเวียงเดช ไปดำรงตำแหน่งครูใหญ่ที่โรงเรียนบ้านพานสหราษฎร์

           ปี พ.ศ. 2506 นายชุ่ม ศรีปากดี ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้ขอความร่วมมือ ความช่วยเหลือจากชาวบ้านสร้างศาลาประชาคมแบบ 135 ขึ้น 1 หลัง ขนาด 9 X 15 เมตร ราคา 40,000 บาทต่อมานายชุ่ม ศรีปากดี  ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนบ้านโคกเลาะ

           ปี พ.ศ. 2510 นายเตรียม ประพันธ์ วุฒิ พ.ม. ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้ปรับปรุงบริเวณโรงเรียน  ปลูกมะม่วง 18 ต้น โรงน้ำดื่ม สร้างรั้วลวดหนาม โดยได้รับบริจาคจาก สภ.ต.เชียงเครือ คณะครูบริจาคเงินจำนวน  1,419 บาท เพื่อเจาะบ่อบาดาล 1 บ่อ และสร้างโรงอาหารขนาด 7 X 15 เมตร ชาวบ้านบริจาคไม้และปูนซีเมนต์  สำหรับสังกะสีได้รับบริจาคจากแคมป์โพนยางคำ นายเตรียม ประพันธ์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งที่โรงเรียนทุ่งมนพิทยาคาร ในปี พ.ศ. 2518

           ปี พ.ศ. 2518 นายชำนาญ แสนบรรดิษฐ์ วุฒิ พ.ม. ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ ได้เปิดการสอนถึงชั้น ป.7 ได้งบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1ฉ. ขนาด 5.50 X 29 เมตร มี 3 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง ราคา  102,000 บาท และบ้านพักครูแบบ อ.1 จำนวน 1 หลัง ราคา 44,800 บาท ได้พัฒนาด้านวิชาการและการเกษตรจนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนดีเด่นระดับจังหวัด ปี 2521 และเป็นโรงเรียนนำร่องทางการเกษตรของเขตการศึกษา 9 ปี พ.ศ. 2521 และในปี พ.ศ. 2522 ได้รับการคัดเลือกเป็นโรงเรียนดีเด่นและผู้บริหารโรงเรียนดีเด่นระดับจังหวัด ได้รับรางวัลจากกระทรวงมหาดไทย และได้รับแต่งตั้งให้เป็นอาจารย์ใหญ่ ได้รับงบประมาณสร้างส้วมแบบ 401 ราคา 15,000 บาท ได้รับงบก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สน.001 ขนาด 9X 27 เมตร 3 ห้องเรียนราคา  780,000 บาท ส.ส.ดาบชัย อัคราช จัดสรรงบประมาณสร้างรั้วจำนวน 30,000 บาท ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม แบบ 401/3 ราคา 23,937 บาท นางยุพดี จิ่มอาษา บริจาคแผ่นเหล็กจัดทำป้ายโรงเรียน นายมานิตย์ วงศ์กาฬสินธุ์  บริจาคไม้ทำเสาธงชาติและสร้างฐานด้วยหิน นายชำนาญ  แสนบรรดิษฐ์ ป่วยเป็นโรคมะเร็งตับ และลำไส้ ได้ถึงแก่กรรมใน ปี พ.ศ.  2526

           ปี พ.ศ. 2526 นายชื่น ธนะคำดี ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ ได้ปลูกยูคาลิปตัสประมาณ 4 ไร่  และได้ลาออกก่อนครบเกษียณอายุในปี พ.ศ. 2529                                                    ปี พ.ศ. 2529 เดือนเมษายน นายประสาท ดำรงไทย วุฒิ คบ. ย้ายมาจาก สปอ.วานรนิวาส มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่

  ปี พ.ศ. 2548 เดือนตุลาคม นายวราวุธ คำภูษา ได้รับคำสั่งให้ไปดำรงตำแหน่งใหม่ที่โรงเรียนบ้านหนองหอย อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร ถึง พ.ศ. 2549

           5 ตุลาคม 2549 นายอนันตชัย เคนไชยวงศ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านดอนแคนคุรุราษฎร์ผดุงวิทย์ ย้ายมารับตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอยทำการปรับปรุงภูมิทัศน์ของโรงเรียนใหม่ สร้างถนนทางเข้าโรงเรียน  ปรับปรุงป้ายโรงเรียน  ส่งเสริมเกษตรเพื่ออาหารกลางวันตามทฤษฎีเศรษฐกิจพอเพียง ก่อสร้างที่ดื่มน้ำที่ถูกสุขลักษณะ  จัดหางบประมาณซื้อกองดุริยางค์  ปรับปรุงห้องสมุดใหม่   แก้ปัญหาเด็กนักเรียนอ่านไม่ออก เขียนไม่ได้  ส่งเสริมการศึกษาทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้  สนับสนุนบุคลากรให้เลื่อนวิทยฐานะ ปรับปรุงที่จอดรถของครูและนักเรียน รวมทั้งปรับปรุงอาคารอนุบาลให้เป็นเอกเทศสวยงาม   ระดมทุนก่อสร้างรั้วโรงเรียนจนแล้วเสร็จ พร้อมทั้งได้รับงบจาก สพฐ.ก่อสร้างอาคารบูรณาการ  สปช 105/29 จำนวน  ๑ หลัง ใช้งบประมาณ 2,526,888 บาท  อาคารเอนกประสงค์ 1หลัง ใช้งบประมาณ 2,090,000 บาท และได้รับเลือกจากมูลนิธิกสิกรไทยมาจัดห้องสมุดโรงเรียนเป็นห้องสมุดธนาคารแห่งความรู้  ดำรงตำแหน่งจนถึง 30 กันยายน 2560 เกษียณอายุราชการ

           1 ตุลาคม 2560 นางสาววันเพ็ญ นามเมืองรักษ์ ครูชำนาญการพิเศษ รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย ถึง 5 กุมภาพันธ์ 2561

           6 กุมภาพันธ์ 2560 นางสาววราภัสร์  แก้วเมืองพัชรกุล ได้รับคำสั่งให้ดำรงตำแหน่งรักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย (17 มกราคม 2561)

           20 เมษายน 2561 นางสาววราภัสร์  แก้วเมืองพัชรกุล ได้รับคำสั่งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย ได้ดำเนินการขอจัดสรรงบประมาณและดำเนินการก่อสร้างห้องเรียนหลวงพ่อวิริยังค์ งบประมาณจากมูลนิธิหลวงพ่อวิริยังค์ จำนวน 240,000 บาท  อาคารเรียนชั้นอนุบาลแบบ 1 ชั้น 3 ห้องเรียน ประจำปีงบประมาณ 2564 จำนวน 1,892,000 บาท  บ้านพักครูแบบ 2 ครอบครัว ประจำปีงบประมาณ 2564 จำนวน 751,000 บาท  และได้ถึงแก่กรรมด้วยโรคมะเร็ง  ในวันที่  31  สิงหาคม  2564

           7 กันยายน 2564 นายวัชรพงษ์  บริเอก  รองผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย  ได้รับคำสั่งจากสำนักงานศึกษาธิการจังหวัด  ให้ดำรงตำแหน่ง รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย ถึงวันที่ 24 ตุลาคม 2564

           25 ตุลาคม  2564  นายวัฒนา  ไชยารักษ์  ได้รับคำสั่งจากสำนักงานศึกษาธิการจังหวัดสกลนคร  แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนองหอย  จนถึงปัจจุบัน